Para que seu estoque seja atualizado você precisará finalizar seu pedido. Somente após inserir todos os dados no pedido e gerar o financeiro é que seu estoque será de fato atualizado e então o status do pedido passará de CADASTRADO para PENDENTE DE.
Para finalizar selecione a funcionalidade COMPRAS e clique em cima do pedido.

Se você tiver importado o pedido, confira o valor e então clique em CONCLUIR IMPORTAÇÃO.

Clique em AVANÇAR.

Em OUTROS VALORES, preencha os campos se necessário e então clique em AVANÇAR, novamente.

Escolha a forma de pagamento.

Clique em ADICIONAR PAGAMENTO.

Em seguida clique em AVANÇAR.

Em RESUMO DO PEDIDO, confira todas as informações e então clique em FINALIZAR.

Após este passo a passo, seu pedido passará de CADASTRADO para PENDENTE DE PAGAMENTO e então seu estoque será atualizado.